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1、錨定PCR（anchored PCR） 

通常采用的PCR反應必須知道欲擴增的DNA或RNA片段兩側的序列，而在大多數情況下對某些序列本身或其旁側序列并不清楚，“錨定PCR”可以幫助克服序列未知或序列完全未知帶來的障礙。

基本做法是：分離細胞總RNA或者mRNA，在反轉錄酶的作用下合成cDNA，通過DNA末端轉移酶在cDNA 3’末端加上poly（dG）尾巴。與此poly（dG）相對應的錨定引物poly（dC）為保證擴增特異性，建議此段旁聚（dC）在十二聚以上，5’端可帶上某些限制酶序列或其他序列信息。在與基因特異配對的引物參與下，可以擴增出此帶同源多聚物尾巴的cDNA序列。

2、不對稱PCR（asymmetric PCR） 

典型的PCR反應產生一種特定的雙鏈DNA拷貝，不對稱PCR可以利用引物濃度的差別，形成單鏈DNA，便于測序。一般采用50～100：1比例的引物濃度，在最初的10～15個循環中主要產物還是雙鏈DNA，但當低濃度引物被消耗盡時，高濃度引物介導的PCR反應就會產生大量的單鏈DNA，分離此擴增產物中的ssDNA可用原引物或第三條內部引物直接測序。

3、反向PCR（inverse PCR） 

PCR反應允許擴的DNA片段位于已知序列的兩個引物之間。反向PCR的應用則可以對一個已知的DNA片段的兩側未知序列進行擴增和研究。選擇已知序列內部沒有的限制性內切酶對此段DNA進行酶切，連接成環狀DNA分子，選擇合適方向和已知序列兩末端互補的引物，經PCR后，可以得到未知序列的DNA片段，用此方法可建立基因組步移文庫。

4、多重PCR（multiplex PCR） 

PCR技術的一個重要應用領域是檢測特定序列的存在或缺失。如果待檢測的基因片段存在，經PCR可以產生擴增區帶，如果缺失則沒有擴增帶出現。在許多情況下需要檢測的基因十分龐大，有的可達數百上千kb。對此有人提出了多重PCR，即在同一個試管中加入多對引物，擴增同一模板的幾個區段。如果某一區段缺失則在相應的電泳圖譜上這一區帶就會消失。多重PCR和southern blotting 一樣可靠，但要簡便的多。

5、著色互補PCR（color complementation assay） 

著色互補PCR又稱熒光PCR，可用于區分長短相近的多種基因成分。其原理是用不同的熒光染料，如紅色的羅丹明（POX）和綠色的熒光素（FAM）等分別標記于不同的寡核苷酸引物上，同時擴增多個DNA區段，反應完畢后，利用分子篩除去延伸的引物。用紫外線照射擴增產物，就能顯示某一種或幾種熒光染料顏色的組合，如果某一DNA區帶缺失，則會缺乏相應的顏色，據此可以很快診斷出是否某種基因缺失，或者發現某些感染的病毒。